El municipio de San Juan de Pasto está situado en el suroccidente de Colombia, en medio de la cordillera de los Andes en el macizo montañoso denominado nudo de los Pastos y la ciudad está situada en el denominado valle de Atriz, al pie del volcán Galeras y está muy cercana a la línea del ecuador. El territorio municipal tiene en total 1181 km² de superficie, de los cuales el área urbana consta de 14,7 km².